A los 10 años ya era músico profesional y a los 12 fundó junto con Lito Epumer (n. 1956) la banda Madre Atómica, a la que luego se sumó Pedro Aznar (n. 1959), una banda sumamente renombrada en el circuito underground de los años setenta. Sus pocos shows les permitieron destacarse como una formación de instrumentistas prodigiosos a una edad muy temprana.

Entre 1977 y 1980 integró la banda Los Desconocidos de Siempre de apoyo a Nito Mestre, tocando la batería primero y el piano después. En 1983 y 1984 integró Spinetta Jade, banda liderada por Luis Alberto Spinetta, con quien siguió trabajando luego de disuelta, grabando seis álbumes: Madre en años luz -con Spinetta Jade-, Privé, Exactas, Téster de violencia, Don Lucero, Pelusón of milk y Estrelicia MTV Unplugged -con Spinetta y los Socios del Desierto. La sociedad entre Spinetta y Fontana, muy valorada por aquel, se interrumpió a mediados de la década de 1990 -con actuaciones conjuntas esporádicas desde entonces-, debido a la fobia a los aviones que tenía Fontana, según su propia confesión.

Spinetta definía a Fontana como una "usina": En los teclados la usina más grande que se puede conocer: la central del Mono Fontana.

Simultáneamente reorganizó la banda Madre Atómica, integrándola con Lito Epumer, Guillermo Vadalá y Jota Morelli, grabando en 1986 el álbum Madre Atómica.

En los años noventa acompañó a varios músicos nacionales e internacionales, como multiinstrumentista. A mediados de la década comenzó a formar trío con Santiago Vázquez y Martín Iannaccone. En 1997 acompañó a Spinetta en su recital acústico para MTV.

También grabó discos propios como Ciruelo y Cribas, y musicalizó películas mudas como Fausto y The Planet, junto a Fernando Kabusacki.